L’enfant polyhandicapé a souvent des difficultés à avaler l'alimentation du fait de perturbation des mécanismes de déglutition, avec des repas très prolongés pour une faible quantité d'alimentation ingérée. Il souffre parfois de caries, de gingivites, de troubles de l'occlusion dentaire, d'hypertrophie de la langue ou des gencives…

Certains enfants vomissent, de façon involontaire mais parfois aussi volontaire et perdent ainsi des calories. Parfois leur seule interaction avec l'entourage est l'alimentation, et certains prennent des habitudes d'opposition ou de mérycisme (régurgitations volontaires).