La gastrostomie peut donner lieu à des complications : infection de la paroi ou faux trajet lors de la pose par exemple. Les problèmes les plus fréquents sont dus à des "conflits" au niveau de l'orifice entre la sonde plastique et l'organisme : suintements, bourgeons inflammatoires.

Ces sondes sont moins accessibles à l'enfant, et plus difficiles à arracher que la sonde naso-gastrique. Cependant chez l'enfant polyhandicapé, les mouvements sont parfois difficilement contrôlés et le seuil de douleur est parfois élevé. Ces enfants peuvent alors arracher leur sonde. Elle doit donc être fixée et cachée de manière adéquate.